스톡옵션 과세이연 특례, 나중에 한 번 더 행사했다가 앞의 특례까지 날아갑니다

조세특례제한법 제16조의4 과세이연 특례는 행사 시점의 근로소득세를 미뤄주지만, 이후 따라붙는 사후관리 조건을 어기면 미뤄뒀던 세금이 되살아납니다. 가장 자주 걸리는 것이 행사가액 5억원 조건이고, 2026년 세제개편안(정부안)이 손대는 지점도 바로 여기입니다.

조특법 제16조의4 과세이연 특례의 사후관리 사유는 증여·행사일부터 1년 내 처분, 전체 행사가액 5억원 초과, 전용계좌에서 다른 주식 거래 세 가지이며 퇴사는 여기에 없습니다. 현행은 특례 신청 여부와 무관하게 3개 과세기간의 행사가액을 모두 합산했지만, 2026년 세제개편안(정부안)은 과세특례를 신청하고 행사한 분만 5억원 한도에 합산하도록 바꿉니다. 적용시기는 2027년 1월 1일 이후 행사분부터이며, 아직 확정 법률이 아니어서 국회 심의 과정에서 문구가 달라질 수 있습니다.

특례가 깨지는 사유는 퇴사가 아니라 이 세 가지입니다

벤처기업 스톡옵션에는 세금을 뒤로 미뤄주는 제도가 있습니다. 조세특례제한법 제16조의4 과세이연 특례로, 행사할 때 근로소득세를 매기지 않고 주식을 팔 때 양도소득세로 한 번만 과세합니다. 문제는 그다음입니다. 조건이 따라붙고, 어기면 미뤄뒀던 세금이 되살아납니다.

퇴사하면 세금을 토해내느냐는 질문이 많지만, 제16조의4 제5항의 사후관리 사유에 퇴사는 없습니다. 첫째 특례 주식을 증여하거나 행사일부터 1년 내에 처분하는 경우, 둘째 전체 행사가액이 5억원을 넘는 경우, 셋째 전용계좌에서 그 주식 외의 종목을 거래한 경우뿐입니다. 파산이나 합병·분할 시에는 예외입니다.

다만 재직 요건은 따로 있어 주주총회 결의일부터 2년 이상 재임·재직한 뒤 행사해야 합니다. 2년을 채웠다면 이후 퇴사는 특례를 깨뜨리지 않습니다. 또 사후관리에 걸리면 수정신고가 아니라 사유가 발생한 과세연도의 근로·기타소득으로 과세하므로, 여러 해의 행사이익이 한 해에 몰려 세율 구간이 밀립니다.

신청하지도 않은 행사가 5억원 한도를 밀어 올리던 구조

전체 행사가액은 행사한 해와 직전 2개 과세기간의 합계이며, 행사이익이 아니라 실제 납입한 매수대금이 기준입니다. 현행은 이 합계에 과세특례 신청 여부를 따지지 않아, 특례를 포기하고 근로소득세를 내며 행사한 분까지 5억원 한도를 잡아먹습니다.

2026년 8월 3일 발표된 2026년 세제개편안(정부안)은 이 합산 방식을 손봅니다. 앞으로는 과세특례를 신청하고 행사한 분만 5억원 한도에 넣으며, 적용시기는 2027년 1월 1일 이후 행사분부터입니다.

근거: 조세특례제한법 제16조의4 제1항·제5항, 조세특례제한법 시행령 제14조의4, 2026년 세제개편안(정부안, 2026-08-03)

다만 이번 완화는 합산 대상을 좁히는 것이지 한도를 올리는 것이 아닙니다. 신청분만으로 3개 과세기간 합계가 5억원을 넘으면 여전히 걸리고, 대상도 2027년 12월 31일까지 부여받은 스톡옵션으로 한정됩니다.

숫자로 보면 두 해 합산 세부담 차이가 1억 1,000만원

1차 행사 — 특례를 신청해 근로소득세 0원

비상장 벤처기업 A사가 2023년 3월 결의로 CTO 김OO에게 스톡옵션을 부여했고 행사가격은 1주당 25,000원입니다. 2027년 5월 1만 주를 행사하면 행사가액은 2억 5,000만원, 당시 평가액 75,000원 기준 행사이익은 5억원입니다. 신청서를 내 특례를 적용받아 근로소득세는 0원입니다.

2차 행사 — 신청하지 않은 3억원이 앞의 특례를 깨뜨립니다

2029년 3월 남은 1만 2,000주를 특례 신청 없이 행사합니다. 행사가액 3억원, 행사이익은 9억원입니다. 현행이라면 3개 과세기간 합계가 5억 5,000만원으로 한도를 넘겨 2027년 특례가 깨지고 행사이익 5억원이 2029년 근로소득으로 되살아납니다. 과세표준이 이미 최고 구간(45%)이라면 소득세 2억 2,500만원, 지방소득세까지 2억 4,750만원입니다. 개정안이라면 신청분만 세어 특례가 유지됩니다.

매각 단계 — 취득가액이 달라져 차이가 더 벌어집니다

특례가 유지되면 취득가액은 2억 5,000만원이지만, 깨지면 행사 당시 시가 7억 5,000만원이 취득가액이 됩니다. 2031년 1만 주를 13억원에 팔면 양도차익은 10억 5,000만원과 5억 5,000만원입니다. 양도소득세는 2억 4,687만 5,000원과 1억 2,187만 5,000원, 두 해 합계는 3억 8,156만 2,500원 대 2억 7,156만 2,500원, 차이는 1억 1,000만원입니다.

이름이 비슷한 세 조문과 회사 쪽 손금불산입

조특법에는 이름이 비슷한 벤처기업 스톡옵션 조문이 셋 있습니다. 제16조의2는 비과세 특례로 연간 2억원, 벤처기업별 누적 5억원까지 과세하지 않고, 제16조의3은 납부특례로 세액의 5분의 1을 낸 뒤 나머지를 4개 연도에 나눠 냅니다. 제16조의4가 과세이연 특례이며, 이번 개편 대상은 사후관리 한 줄뿐입니다.

회사 쪽 부담도 봐야 합니다. 제16조의4를 적용하면 회사는 약정 매수가액과 시가의 차액을 손금에 산입할 수 없습니다. 손금부인된 5억원에 법인세율 20%를 적용하면 법인세 1억원, 지방소득세 1,000만원이 늘고 이연법인세자산도 잡히지 않습니다. 제4항은 사후관리로 소득세를 과세한 경우도 포함합니다.

절차도 사전 요건입니다. 특례적용신청서와 전용계좌개설확인서는 행사일 전날까지 회사에 제출해야 하고, 회사는 행사한 달의 다음 달 10일까지 행사주식지급명세서와 특례적용대상명세서를 세무서에 냅니다. 행사 후 챙기면 늦습니다.

정리해보면

사후관리 사유는 증여·1년 내 처분, 행사가액 5억원 초과, 전용계좌 내 다른 주식 거래 세 가지이고 퇴사는 아닙니다. 현행은 신청 여부와 무관하게 합산했지만 개정안은 신청분만 셉니다. 사례처럼 2억 5,000만원과 3억원이 겹치면 현행만 특례가 깨집니다.

이 글은 2026년 8월 3일 정부안과 현행 조세특례제한법 기준입니다. 확정 법률이 아니어서 국회 심의에서 문구가 달라질 수 있고, 합산 제외 범위가 요건 규정까지 정비되는지도 확인이 필요합니다. 부여 결의 내용과 재직 기간, 벤처기업 확인 상태까지 봐야 결론이 나오므로 행사 전 전문가 검토를 권합니다.

—신청 서류 제출 시점 확인 — 특례적용신청서와 전용계좌개설확인서를 행사일 전날까지 회사에 제출했는지 점검

—3개 과세기간 행사가액 합산 — 행사한 해와 직전 2개 과세기간의 행사가액 합계가 5억원을 넘지 않는지 매 행사 전 계산

—1년 보유·증여 금지 — 특례로 받은 주식은 행사일부터 1년이 지난 뒤 처분하고 그 사이 증여는 회피

—전용계좌 종목 관리 — 주식매수선택권 전용계좌에는 해당 주식만 두고 다른 종목 매매 금지

—회사 측 손금불산입 반영 — 제16조의4 제4항 효과를 반영해 법인세 부담과 이연법인세 인식 여부를 사전 점검

창의회계법인은 스타트업과 중소기업을 위한 회계감사·세무 자문·M&A·IPO·밸류업 전문 회계법인입니다. 성장 단계별 맞춤 재무 전략 설계부터 실행까지, 함께 갑니다.