R&D 세액공제를 받으면 글로벌최저한세를 더 냈습니다 — 그 고리가 끊어집니다

세액공제를 후하게 줄수록 실효세율이 15% 밑으로 내려가고, 그 차액을 모회사 소재국이 추가세액으로 걷어 갔습니다. 2026년 세제개편안은 국제조세조정에 관한 법률 제80조에 적용면제 세 개를 신설해 이 고리를 끊습니다. 대상 그룹이 아니더라도 M&A와 R&D 세제의 실효성 측면에서 확인이 필요한 개정입니다.

2026년 8월 3일 발표된 2026년 세제개편안은 국조법 제80조에 병행체계·최종모기업·실질기반 적용면제 세 개를 신설합니다. 핵심은 실질기반 적용면제로, R&D 세액공제처럼 지출·생산을 기반으로 하는 조세혜택 때문에 줄어든 대상조세를 줄지 않은 것으로 보아 실효세율을 계산합니다. 한도는 Max(적격인건비, 적격유형자산 감가상각비)의 5.5%이며, 예시에서는 추가세액이 9억 원에서 2억 4,000만 원으로 줄었습니다. 적용시기는 2027년 1월 1일 이후 신고분, 적용사업연도는 대체로 2026년 1월 1일 이후 개시분입니다.

세액공제를 받을수록 세금을 더 내던 구조

글로벌최저한세는 다국적기업그룹이 어느 나라에서 벌든 최소 15%의 세금을 부담하게 하는 규칙입니다. 국제조세조정에 관한 법률 제5장에 들어와 있고, 적용대상은 직전 4개 사업연도 중 2개 이상에서 최종모기업 연결매출액이 각각 7억 5천만 유로 이상인 그룹입니다.

문제는 이 규칙이 세제지원을 상쇄한다는 점이었습니다. 한 나라가 R&D 세액공제를 후하게 주면 그 나라 실효세율이 15% 밑으로 내려가고, 모회사 소재국이 그 차액만큼을 추가세액으로 걷어 갑니다. 기업은 공제를 받아도 남는 게 없고, 지원한 세수는 외국으로 빠져나갑니다.

2026년 8월 3일 발표된 2026년 세제개편안(정부안)은 OECD가 합의한 Side-by-Side 패키지와 후속 행정지침을 국내법에 반영합니다. 국조법 제80조에 적용면제 세 개를 넣고, 시행령에 간이실효세율 적용면제를 추가합니다.

적용면제가 세 개 생깁니다 — 병행체계·최종모기업·실질기반

첫째, 병행체계 적용면제

최종모기업이 적격병행체계 국가에 있으면 그룹 구성기업의 소득산입규칙·소득산입보완규칙 추가세액을 0으로 봅니다. 적격국내·해외조세제도 보유와 적격소재국추가세에 대한 외국납부세액공제 제공을 모두 갖춰야 하며, 인정 시기에 따라 적용 개시 사업연도가 1년 갈립니다.

둘째, 최종모기업 적용면제

최종모기업이 적격국내조세제도 국가에 있으면 그 소재국 구성기업의 소득산입보완규칙 추가세액을 0으로 봅니다. 명목세율 20% 이상이면서 실효세율 15% 이상의 최저한세제도 보유 등이 요건입니다.

셋째, 실질기반 적용면제

적격 실질기반 조세혜택으로 줄어든 대상조세를 감소하지 않은 것으로 간주해 추가세액과 내국추가세액을 계산합니다. 연구개발비·유형자산 취득비용 같은 지출액이나 제조·전력·채굴 산출물 같은 생산량의 일정 비율로 주는 세액공제가 대상이며, 조특법의 연구·인력개발비 세액공제와 통합투자세액공제가 여기 해당합니다.

근거: 국조법 §62① · §80④~⑦, 국조령 §138의3 · §138의4, 2026년 세제개편안(2026-08-03)

추가세액 9억 원이 2억 4,000만 원으로 — 한도는 5.5%

조세혜택 대응액은 유형별로 계산합니다. 세액공제는 대상조세를 감소시킨 공제액 그대로, 초과 손금산입·소득면제·우대세율은 각 대응 금액에 세율을 곱한 값입니다. 한도는 Max(적격인건비, 적격유형자산 감가상각비) × 5.5%입니다.

단순화한 예시입니다. 글로벌최저한세소득 500억 원, 조정대상조세 60억 원, 적격인건비 200억 원, 감가상각비 150억 원인 구성기업이 지출 기반 R&D 세액공제로 대상조세가 20억 원 줄어 있고 실질기반제외소득은 200억 원입니다. 현행이면 실효세율 12%, 추가세액비율 3%포인트, 초과이익 300억 원이므로 추가세액은 9억 원입니다.

개편안에서는 대응액 20억 원 중 한도 11억 원까지 인정돼 조정대상조세를 71억 원으로 보므로 실효세율은 14.2%, 추가세액은 2억 4,000만 원이 됩니다. 차이 6억 6,000만 원만큼 연결 법인세비용이 줄고 당기순이익이 늘어납니다. 다만 한도를 넘는 9억 원은 여전히 실효세율을 끌어내려, 인적·물적 기반이 얇을수록 혜택이 작습니다.

우리 회사는 대상이 아닌데 왜 봐야 하나

연결매출 7억 5천만 유로는 대략 1조 원대여서 대부분의 스타트업·중견기업은 직접 대상이 아닙니다. 그래도 볼 이유가 셋 있습니다. 첫째는 편입입니다. 그룹 단위로 판단하므로 대기업이나 글로벌 투자자에게 인수돼 연결 범위에 들어가면 그날부터 구성기업이 되고, 받고 있던 공제가 오히려 그룹의 추가세액을 만들어 냈습니다. M&A 세무 실사 항목이 하나 바뀌는 셈입니다.

둘째는 국내 세제지원의 실효성입니다. 연구·인력개발비 세액공제는 중소기업 기준 신성장·원천기술 30%, 국가전략기술 40%로 높은 수준입니다. 이 공제들이 적격 실질기반 조세혜택으로 인정되느냐가 한국 R&D 세제의 유효성을 좌우하며, 이번 개편은 그 경로를 국내법에 명문화합니다.

셋째는 컴플라이언스 비용입니다. 직전 24개월 이내 해당 국가에서 추가세액이 없었다면 간이소득·간이세액으로 실효세율을 계산할 수 있고, 15% 이상이거나 간이소득이 0 이하면 추가세액을 0으로 봅니다. 반면 국조법 제80조 제4항 적용면제에는 단서가 붙어 당기추가세액가산액 포함분은 0으로 보지 않습니다.

정리해보면

국조법 제80조에 병행체계·최종모기업·실질기반 적용면제가 신설되고, 적용사업연도는 대체로 2026년 1월 1일 이후 개시분입니다. 12월 결산법인이라면 지금의 2026 사업연도가 첫 적용연도이고, 신고는 2027년이지만 계산에 들어갈 데이터는 올해 장부에서 나옵니다.

먼저 손댈 것은 세액공제 분류입니다. 실질기반 적용면제는 지출·생산 기반 공제에만 적용되므로 한 줄로 뭉뚱그려 관리해 온 회사라면 분류가 선행되어야 하고, 적격인건비와 감가상각비도 관할권별로 집계해 두어야 합니다. 인정 국가와 간이소득 산정방법은 시행령과 OECD 후속 지침에서 확정됩니다.

—적용대상 판정 — 그룹 연결매출액이 직전 4개 사업연도 중 2개 이상에서 7억 5천만 유로 이상인지 확인. M&A로 그룹에 편입되면 그 시점부터 구성기업

—세액공제 분류 — 받고 있는 공제를 지출·생산 기반(R&D·투자·생산량)과 그 밖의 것으로 구분. 실질기반 적용면제는 전자에만 적용

—한도 산정 데이터 — 적격인건비와 적격유형자산 감가상각비를 관할권별로 집계. Max값의 5.5%가 한도이므로 기반이 얇으면 혜택도 작음

—모기업 소재국 추적 — 최종모기업 소재국이 적격병행체계 또는 적격국내조세제도로 인정받았는지 확인. 인정 시기에 따라 적용사업연도가 1년 갈림

—간이실효세율 검토 — 직전 24개월 내 해당 관할권에서 추가세액이 없었다면 간이실효세율 적용면제 활용 여부 검토. 2026년 12월 31일 이후 개시 사업연도부터

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