사옥 부지가 도시재생 구역에 들어갔습니다 — 건물로 받으면 양도세를 안 냅니다

국세청이 2026년 8월 7일 회신한 서면-2026-부동산-1863은 도시재생 혁신지구 현물보상의 과세 경계선을 그었습니다. 건물로 받는 부분은 환지 의제로 과세되지 않지만, 현금으로 돌려받는 차액은 양도입니다. 취득가 3억·보상평가액 12억·분양가 10억 사례로 세액 차이 3억 3,550만원이 어디서 갈리는지 정리했습니다.

도시재생법 §55의3③이 현물보상으로 공급하는 건축물을 도시개발법 §40에 따른 환지로 의제하고, 소득세법 §88제1호 가목이 환지처분을 양도에서 제외하므로 건물로 받는 부분은 양도소득세 과세 대상이 아닙니다(서면-2026-부동산-1863, 2026.8.7.). 다만 시행령 §53의5⑧에 따라 지급을 유보한 금액이 분양가격보다 높아 현금으로 돌려받은 차액은 양도에 해당하며, 그 차액에 대응하는 취득가액을 안분해 신고해야 합니다. 새 건축물은 종전 토지의 장부가액을 그대로 이어받으므로, 세금은 면제가 아니라 이연입니다.

두 개의 조문이 손을 잡습니다 — 도시재생법 §55의3③과 소득세법 §88제1호 가목

오래 보유한 사업장 부지가 도시재생 혁신지구에 편입되고, 사업시행자가 현금 대신 새 건물로 보상하겠다고 안내하는 경우가 있습니다. 건물로 받아도 양도소득세를 내야 할까요. 국세청은 2026년 8월 7일 서면-2026-부동산-1863 회신에서 양도로 보지 않는다고 답했습니다. 다만 예외가 하나 붙는데, 실무에서는 그쪽이 더 중요합니다.

결론은 조문 두 개의 연결입니다. 「도시재생 활성화 및 지원에 관한 특별법」 제55조의3 제1항은 토지등소유자가 협의에 응해 주거재생혁신지구 내 토지등의 전부를 양도하고 본인이 원하는 경우, 혁신지구재생사업으로 건설되는 건축물과 부속 토지로 보상할 수 있게 합니다(가격 기준은 같은 법 제55조의4의 분양가격). 핵심은 제3항으로, 현물보상 건축물을 「도시개발법」 제40조에 따른 환지로 본다고 법이 직접 의제합니다.

「소득세법」 제88조 제1호 가목은 환지처분으로 지목·지번이 변경되거나 보류지로 충당되는 경우를 양도로 보지 않습니다. 두 조문을 이으면 현물보상 건축물은 환지로 의제되어 과세 대상에서 빠집니다. 세법은 형식이 아니라 대가로 무엇을 받았는지를 봅니다.

요건도 봐야 합니다. 제55조의3 제1항은 토지등의 전부 양도를 요구하므로 일부만 넘기면 대상이 아니고, 같은 항 제1호는 대상자를 대통령령이 정한 요건을 충족하는 자로 한정하며 경합 시 보상금 총액이 높은 자를 우선합니다.

예외 하나 — 유보한 금액이 분양가보다 크면 그 차액은 양도입니다

회신의 뒷부분이 실무의 핵심입니다. 도시재생법 시행령 제53조의5 제8항에 따라 지급을 유보한 금액이 분양가격보다 높아 사업시행자로부터 지급받은 차액은 양도에 해당한다는 단서입니다.

현물보상에서는 보상금 지급을 유보한 뒤 건축물로 정산합니다. 유보금액이 분양가격보다 적으면 소유자가 차액을 더 내므로 과세 문제가 없습니다. 반대로 크면 사업시행자가 차액을 현금으로 돌려주고, 시행령은 그 차액에 공익사업법 제63조 제9항 제2호 가목의 이자율로 산정한 이자를 더해 지급하도록 정합니다.

이 현금이 문제입니다. 새 건물로 이어지지 않고 손에 쥐는 대가라 그만큼은 유상 이전입니다. 하나의 거래가 두 조각으로 나뉘어, 건축물 부분은 환지처분이라 비과세이고 현금 차액만 과세됩니다. 그래서 취득가액 안분이 따라옵니다. 전체 취득가액을 그대로 빼면 안 됩니다. 차액에 더해 받는 이자의 소득구분은 이번 회신의 판단 대상이 아닙니다.

근거: 도시재생 활성화 및 지원에 관한 특별법 §55의3 · 같은 법 시행령 §53의5⑧ · 소득세법 §88제1호 가목 · 국세청 서면-2026-부동산-1863(2026.8.7.)

취득가 3억·보상 12억·분양가 10억이면, 양도세는 3억 7,626만원이 아니라 4,076만원입니다

숫자로 보겠습니다. 장기보유특별공제·기본공제는 빼고 취득가액을 금액 비율로 단순 안분한 예시입니다. 20년 전 3억원에 취득한 토지가 주거재생혁신지구에 편입된 개인 소유자 R씨의 보상평가액은 12억원, 건축물 분양가격은 10억원이어서 차액 2억원을 현금으로 받았습니다.

잘못된 계산 — 전체를 양도로 보는 경우

양도가액 12억원에서 취득가액 3억원을 빼면 양도차익 9억원입니다. 보유기간 2년 이상 토지라 「소득세법」 제104조 제1항 제1호에 따라 제55조 제1항 기본세율이 적용되어 산출세액은 3억 4,206만원, 지방소득세 3,420만 6,000원을 더하면 총 3억 7,626만 6,000원입니다.

올바른 계산 — 차액만 양도로 보는 경우

양도로 보는 부분은 현금 2억원입니다. 대응 취득가액을 안분하면 3억원 × (2억원 ÷ 12억원) = 5,000만원, 양도차익은 1억 5,000만원입니다. 1,536만원 + (1억 5,000만원 − 8,800만원) × 35% = 3,706만원, 지방소득세 370만 6,000원을 더하면 총 4,076만 6,000원입니다. 차이는 3억 3,550만원입니다.

면제가 아니라 이연입니다 — 새 건축물이 종전 장부가액을 이어받습니다

자산 쪽도 봅니다. 현물보상 건축물은 환지로 의제되므로 종전 자산의 장부가액이 그대로 이어집니다. 취득가액 3억원 중 현금 수령분에 안분된 5,000만원을 뺀 2억 5,000만원이 새 건축물의 취득가액입니다. 분양가격 10억원에서 이를 빼면 미실현 양도차익 7억 5,000만원이 미래로 넘어갑니다. 면제가 아니라 이연입니다.

전매 제한도 봐야 합니다. 제55조의3 제2항은 약정한 날부터 소유권이전등기를 마칠 때까지 권리를 전매할 수 없도록 정합니다. 위반하면 사업시행자가 약정을 취소하고 현금으로 보상할 수 있고, 이때 현금보상액 이자율은 공익사업법 제63조 제9항 제1호 가목 이자율의 2분의 1로 낮아집니다. 현금보상으로 바뀌면 환지 의제가 적용되지 않아 세제 이점까지 잃습니다.

정리해보면

건축물로 받는 부분은 환지 의제로 과세되지 않고, 유보금액이 분양가격보다 높아 현금으로 받은 차액만 양도입니다. 판단 순서는 주거재생혁신지구 내 토지등의 전부 양도인지, 본인이 원해서 선택한 형식인지, 대통령령이 정한 대상자 요건과 우선순위를 충족하는지, 현금 차액이 있는지입니다. 이번 회신은 도시재생법 제55조의3의 현물보상을 전제로 한 유권해석이며, 다른 법률에 따른 환지나 관리처분은 별도 조문을 따릅니다.

—근거 법률 확인 — 사업이 「도시재생 활성화 및 지원에 관한 특별법」에 근거한 것인지 확인. 도시개발법·도시정비법 사업은 별도 조문을 따릅니다

—전부 양도·대상자 요건 점검 — 주거재생혁신지구 내 토지등의 전부 양도 구조인지, 대통령령이 정한 대상자 요건을 충족하는지 확인(도시재생법 §55의3①)

—현금 차액과 취득가액 안분 확정 — 유보금액이 분양가격보다 크면 그 차액은 양도소득세 신고 대상. 전체 취득가액을 그대로 차감하면 안 됩니다

—전매 제한 준수 — 약정일부터 소유권이전등기 시까지 권리 전매 금지. 위반 시 약정 취소·현금보상 전환에 이자율은 2분의 1(도시재생법 §55의3②)

—이연 효과를 장기 계획에 반영 — 새 건축물이 종전 토지의 장부가액을 승계하므로 세금은 면제가 아니라 이연. 법인이 토지를 보유했다면 법인세법상 처리를 별도 확인

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