지방에서 창업한 뒤 다른 지방으로 옮겼습니다, 100% 감면은 유지될까요?

2025년에 수도권과밀억제권역 밖에서 창업한 청년창업중소기업이 2026년에 또 다른 비수도권 지역으로 사업장을 이전했습니다. 마침 2026년부터 감면비율 표가 세분화되면서, 이전 시점 기준으로 표를 다시 봐야 하는지가 쟁점이 됐습니다. 국세청은 사전-2026-법규소득-0465 회신에서 이 문제를 정리했습니다.

수도권과밀억제권역 밖에서 창업한 뒤 역시 과밀억제권역 밖의 지역으로 사업장을 옮긴 경우는 조세특례제한법 시행령 제5조 제25항의 적용 대상이 아닙니다. 이 조항은 창업한 지역보다 감면비율이 더 낮은 지역으로 이전하거나 그 지역에 지점·사업장을 설치한 경우에만 작동하기 때문입니다. 따라서 감면비율은 이전 시점이 아니라 창업 당시를 기준으로 조특법 제6조 제1항 제1호 가목을 그대로 적용합니다. 다만 옮겨 가는 지역이 더 낮은 비율 구간이라면 결론이 반대로 바뀌므로, 두 지역의 비율을 같은 표에서 각각 확인하는 절차가 반드시 필요합니다.

사업장을 옮기면 100% 감면이 날아갈까

창업중소기업 세액감면은 초기 기업이 활용할 수 있는 세제 혜택 가운데 규모가 가장 큽니다. 요건을 갖춘 청년창업중소기업이라면 최대 5년간 법인세나 소득세를 100%까지 감면받습니다. 문제는 사업이 커지면 공장 확장이나 인력 확보를 위해 사업장을 옮길 일이 생긴다는 점입니다.

이때 대표들의 걱정은 하나입니다. 옮기면 감면이 사라지는 것 아니냐는 물음입니다. 국세청은 2026년 8월 13일 회신한 사전-2026-법규소득-0465에서, 창업한 지역보다 감면비율이 더 낮은 지역으로 옮긴 것이 아니라면 감면비율은 창업 당시 기준을 그대로 따른다고 정리했습니다. 판단 근거는 조세특례제한법 제6조와 같은 법 시행령 제5조입니다.

2025년에 창업했는데 2026년에 표가 바뀌었습니다

질의 회사의 사실관계는 단순합니다. 2025년 중 수도권과밀억제권역 밖에서 창업한 청년창업중소기업이 2026년 중 역시 과밀억제권역 밖의 다른 지역으로 사업장을 이전했습니다. 변수는 조세특례제한법 제6조 제1항 제1호의 감면비율 표가 창업 시점에 따라 가목과 나목으로 나뉘어 있다는 점입니다.

가목은 2025년 12월 31일 이전 창업에 적용되며 두 갈래입니다. 나목은 2026년 1월 1일 이후 창업에 적용되며 네 갈래로 잘게 쪼개져, 지역 구분이 세분화되고 수도권 창업의 혜택이 줄었습니다. 그래서 2025년 창업 회사가 2026년에 옮겼다면 나목 표를 다시 읽어야 하는가라는 질문이 생깁니다.

근거: 조세특례제한법 제6조 제1항 제1호 가목·나목 (2026년 기준)

이전 규정이 작동하는 조건은 딱 하나입니다

사업장 이전을 다루는 규정은 조세특례제한법 시행령 제5조 제25항입니다. 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업이 창업한 지역보다 감면비율이 더 낮은 지역으로 사업장을 이전하거나 그 지역에 지점·사업장을 설치한 경우, 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 남은 감면기간 동안 그 이전한 지역에서 창업한 것으로 본다는 내용입니다.

핵심은 감면비율이 더 낮은 지역으로라는 조건입니다. 감면율이 높은 지역에서 창업해 혜택만 확보한 뒤 불리한 지역으로 옮기는 것을 막는 장치이므로, 같거나 더 높은 비율의 지역으로 옮기면 애초에 작동하지 않습니다.

질의 사안은 가목 기준으로 두 지역 모두 청년창업중소기업 100% 구간이어서 더 낮은 지역으로의 이전이 아닙니다. 국세청이 적용 대상이 아니라고 밝힌 이유입니다. 따라서 감면비율은 창업 당시를 기준으로 조특법 제6조 제1항 제1호 가목을 적용하며, 2026년에 이전했다는 사정만으로 나목 표로 갈아타지 않습니다.

연간 법인세 8,000만원 회사라면 얼마나 달라지나

숫자로 확인해 보겠습니다. 2025년 지방에서 창업한 청년창업중소기업의 어느 사업연도 감면 전 법인세 산출세액이 8,000만원이라고 가정합니다.

상황 1 — 가목 100%가 유지되는 경우

창업 당시 기준이 유지되면 8,000만원 전액이 감면되어 납부할 법인세는 0원입니다. 법인세비용이 없으므로 세전이익이 그대로 당기순이익이 되고, 그만큼 이익잉여금과 자본총계가 유지됩니다.

상황 2 — 감면비율이 50% 구간으로 떨어진 경우

감면액은 4,000만원에 그치고 법인세 4,000만원을 납부해야 합니다. 당기순이익이 4,000만원 줄고, 같은 금액이 현금으로 유출되어 자산과 자본이 함께 감소합니다.

감면기간이 최대 5년이므로 누적 차이는 더 벌어집니다. 매년 비슷한 규모의 이익이 난다고 가정할 때 5년간 최대 2억원의 차이가 발생합니다. 법인지방소득세에도 별도의 감면 규정이 있어 실제 부담 차이는 더 커질 수 있습니다.

이전을 검토 중이라면 먼저 확인할 순서

이번 회신은 이전해도 괜찮다는 일반론이 아니라 더 낮은 비율의 지역으로 옮기는 것이 아닌 경우에 관한 판단입니다. 검토 순서는 늘 같습니다. 창업 시점으로 가목과 나목 중 적용할 표를 정하고, 창업 지역과 이전 지역의 감면비율을 그 표에서 각각 읽은 뒤, 이전 지역의 비율이 더 낮은지 비교합니다.

지역 구분도 눈으로만 판단하면 안 됩니다. 수도권과밀억제권역은 수도권정비계획법상의 구분이고 인구감소지역은 별도로 지정·고시되는 개념이어서, 같은 시·도 안에서도 시·군·구에 따라 결론이 갈립니다.

적용 범위도 넓게 봐야 합니다. 시행령 제5조 제25항은 지점·사업장 설치와 합병·분할·현물출자·사업 양수를 포함하므로, 본점은 그대로 두고 낮은 비율 지역에 지점만 새로 내도 작동할 수 있습니다. 같은 조 제26항은 과세표준신고와 함께 세액감면신청서를 관할세무서장에게 제출하도록 정합니다.

정리해보면

수도권과밀억제권역 밖에서 창업한 뒤 역시 밖의 지역으로 이전한 경우는 조특령 제5조 제25항의 적용 대상이 아니며, 감면비율은 창업 당시를 기준으로 조특법 제6조 제1항 제1호 가목을 따릅니다. 제25항은 감면비율이 더 낮은 지역으로 이전하거나 그 지역에 지점·사업장을 설치한 경우에만 작동합니다. 산출세액 8,000만원 기준 100% 감면과 50% 감면의 차이는 연간 4,000만원, 5년 누적 최대 2억원입니다. 요건을 갖추고도 신청을 빠뜨리면 다툼의 소지가 생기므로 사안별 검토가 필요합니다.

—가목·나목 구분 — 창업일이 2025년 12월 31일 이전인지 2026년 1월 1일 이후인지 먼저 확정

—같은 표에서 비교 — 창업 지역과 이전 지역의 감면비율을 동일한 표에서 각각 확인

—더 낮은 지역인지 — 이전 지역 비율이 창업 지역보다 낮을 때만 조특령 제5조 제25항이 작동

—지점·조직재편 포함 — 본점 이전뿐 아니라 지점 신설, 합병·분할·현물출자·사업 양수도 함께 검토

—신청서 제출 — 과세표준신고 시 세액감면신청서를 관할세무서장에게 함께 제출(조특령 제5조 제26항)

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