직무발명 보상을 현금 대신 스톡옵션으로 줬다면, 비과세 700만원은 그대로일까요?

현금이 넉넉하지 않은 기술 스타트업은 직무발명 보상을 주식매수선택권으로 갈음하는 설계를 자주 검토합니다. 국세청은 2026년 8월 3일 회신한 서면-2026-원천-2764에서 비과세 한도와 지급 시점을 정리했습니다. 그 두 문장이 실제 세금과 재무제표에서 어떤 숫자로 나타나는지 짚어 보겠습니다.

지급 수단을 현금에서 주식매수선택권으로 바꾸어도 직무발명보상금의 연 700만원 비과세 한도는 동일하게 적용됩니다. 다만 지급 시점은 부여일이나 가득일이 아니라 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세연도로 봅니다. 따라서 한도는 행사한 해에 한 번만 쓰이고, 미행사 연도의 한도는 이월되지 않습니다. 발명자가 법인세법 시행령 제43조 제7항의 지배주주등이거나 그 친족·경영지배관계자라면 비과세 자체가 배제되므로 설계 전 반드시 확인해야 합니다.

특허는 회사 이름으로, 보상은 스톡옵션으로

기술 스타트업에서는 개발자가 만든 특허를 회사 명의로 출원하고 그 대가를 지급하는 일이 흔합니다. 「발명진흥법」 제2조 제2호의 직무발명은 종업원이 직무 수행 중 한 발명으로서 사용자의 업무 범위에 속하는 것을 말합니다. 회사가 그 권리를 승계하면 정당한 보상을 해야 하고, 그 보상금이 직무발명보상금입니다.

소득세법 제12조 제3호 어목은 직무발명보상금을 비과세 근로소득으로 규정하고, 같은 법 시행령 제17조의3 제1항이 그 한도를 연 700만원 이하로 정합니다. 문제는 초기 기업의 자금 사정입니다. 현금이 넉넉하지 않으니 보상금을 주식매수선택권으로 갈음하려는 설계를 자주 검토하게 됩니다.

현금은 준 날이 곧 지급일이지만 주식매수선택권은 부여·가득·행사 단계를 거칩니다. 어느 시점을 지급 시점으로 볼지 정해지지 않으면 700만원 한도를 어느 해에 적용할지 알 수 없습니다. 실무의 오류도 여기서 시작됩니다. 부여한 해에 한도를 써 버리고, 정작 개발자가 3년 뒤 행사해 큰 행사이익이 생긴 해에는 한도를 쓰지 못하는 경우입니다.

현금으로 줄 때와 스톡옵션으로 줄 때, 무엇이 같고 무엇이 다른가

국세청이 2026년 8월 3일 회신한 서면-2026-원천-2764의 첫 문장은 동일한 비과세 한도가 적용된다는 것입니다. 지급 수단이 현금이든 주식매수선택권이든 그 실질이 직무발명보상금이면 연 700만원 비과세는 그대로 살아 있습니다.

실질적인 차이는 두 번째 문장, 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세연도에 지급한 것으로 본다는 부분에서 나옵니다. 부여일도 가득일도 아닌 행사일이 기준이므로, 한도는 행사한 해에 한 번 적용되고 행사이익이 아무리 커도 700만원을 넘는 부분은 전액 과세됩니다. 행사 없이 지나간 해의 한도는 이월되지 않습니다.

확인할 것이 하나 더 있습니다. 소득세법 시행령 제17조의3 제2항은 사용자와 특수관계에 있는 자가 받는 보상금을 비과세 대상에서 제외합니다. 사용자가 법인이면 그 기준은 법인세법 시행령 제43조 제7항의 지배주주등이고, 친족관계나 경영지배관계에 있는 자도 포함됩니다. 스타트업은 대표가 핵심 발명자인 경우가 많아 이 조항에 자주 걸립니다.

근거: 소득세법 제12조 제3호 어목 · 같은 법 시행령 제17조의3 · 기업회계기준서 제1102호 · 서면-2026-원천-2764

4,000주를 행사하면 세금과 손익이 얼마나 움직이나

세금 — 행사한 해에 한 번 정산된다

개발자 A에게 직무발명 보상으로 주식매수선택권 4,000주를 부여했고, 행사가격 1주당 5,000원, 4년 뒤 행사일 시가 1주당 25,000원이라고 하겠습니다. 행사이익은 주당 2만원에 4,000주를 곱한 8,000만원입니다. 회신에 따르면 이 금액은 행사연도에 지급한 직무발명보상금이므로 700만원이 비과세되고 7,300만원이 과세됩니다.

개발자 A의 한계세율이 지방소득세를 포함해 26.4%라면 비과세 700만원 덕분에 약 185만원의 세부담이 줄어듭니다. 반대로 A가 지배주주의 친족이라면 8,000만원 전액이 과세되고 그 차이는 사라집니다.

회계 — 비용은 가득기간에 나누어 인식한다

세법상 귀속시기와 무관하게 주식결제형 주식기준보상의 비용은 기업회계기준서 제1102호에 따라 가득기간에 걸쳐 인식합니다. 부여일 공정가치가 1주당 8,000원이면 총 보상원가는 3,200만원이고, 4년 가득이라면 매년 800만원씩 주식보상비용으로 인식합니다. 당기순이익은 그만큼 줄지만 같은 금액이 주식선택권으로 쌓여 자본총계는 변하지 않습니다.

행사 시점에는 2,000만원의 현금이 유입되고, 쌓아 둔 주식선택권 3,200만원이 자본 내에서 자본금과 주식발행초과금으로 대체됩니다. 결국 자본총계는 납입액 2,000만원만큼 증가합니다. 비용은 4년에 나뉘어 인식되는데 세금은 행사한 해에 한꺼번에 정산된다는 시차가 핵심입니다.

스톡옵션으로 설계하기 전 점검할 것들

이 회신은 직무발명보상금이라는 실질이 인정되는 것을 전제로 합니다. 단순한 성과급이나 유임 목적의 주식매수선택권에 직무발명 보상이라는 이름만 붙인다면 비과세 근거가 되지 못합니다. 발명 신고서, 권리 승계 절차, 사내 보상규정, 산정 근거가 문서로 남아 있어야 합니다.

주식매수선택권 자체의 요건도 별도로 지켜야 합니다. 상법 제340조의2 또는 제542조의3, 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3에 따른 주주총회 결의와 부여 한도, 재직요건 등을 갖추지 않으면 보상 수단으로서의 효력이 다투어질 수 있습니다. 원천징수 시점과 주식보상비용 인식 시점이 다르다는 점도 결산 일정에 반영해야 합니다.

정리해보면

보상 수단을 현금에서 주식매수선택권으로 바꾸어도 연 700만원 비과세 한도는 동일하게 적용되고, 달라지는 것은 지급 시점이 행사한 날이 속하는 과세연도로 이동한다는 점입니다. 행사이익 8,000만원 사례에서 비과세 700만원은 약 185만원의 세부담 감소로 나타나지만, 발명자가 지배주주등이라면 이 혜택은 인정되지 않습니다. 회사 회계는 제1102호에 따라 매년 800만원씩 비용을 인식하므로, 세무와 회계의 시차를 함께 놓고 설계해야 합니다.

—비과세 한도 유지 — 지급 수단이 주식매수선택권이어도 연 700만원 비과세는 동일하게 적용된다

—기준은 행사일 — 부여일·가득일이 아니라 행사한 날이 속하는 과세연도에 지급한 것으로 본다

—지배주주등 배제 — 법인세법 시행령 제43조 제7항의 지배주주등과 친족·경영지배관계자는 비과세 대상이 아니다

—회계는 가득기간 안분 — 제1102호에 따라 총 보상원가를 가득기간에 나누어 비용으로 인식한다

—실질 입증 문서 — 발명 신고서·권리 승계 절차·사내 보상규정·산정 근거가 남아 있어야 한다

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