계약금·중도금·잔금으로 나눠 받는 용역, 세금계산서는 언제 끊어야 할까요

국세청은 2026년 7월 8일 회신한 사전-2026-법규부가-0644에서 대가를 나눠 받는 용역계약의 공급시기를 다뤘습니다. 판단 기준은 한 가지 숫자, 6개월이었습니다. 1억원짜리 시스템 구축 계약을 예로 세금계산서 장수와 가산세가 어떻게 갈리는지 짚어봅니다.

계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역 완료일까지가 6개월 이상이고 그 사이에 계약금 외의 대가를 분할해 받으면 중간지급조건부이고, 공급시기는 「부가가치세법 시행령」 제29조 제1항 제3호에 따라 대가의 각 부분을 받기로 한 때로 쪼개집니다. 6개월 미만이면 역무 제공 완료일 하나가 공급시기이고 중간 수령액은 선수금입니다. 1억원 계약에서 완료일에 한 장만 끊으면 5,000만원에 대해 미발급 가산세 2%인 100만원이 붙고, 고객사는 매입세액 500만원을 제때 공제받지 못합니다.

3월에 계약금, 6월에 중도금, 10월에 잔금 — 이 계약의 공급시기

소프트웨어 구축이나 설비 제작처럼 몇 달에 걸쳐 진행되는 용역은 대금을 한 번에 받지 않습니다. 실무자가 가장 자주 하는 선택은 "다 끝나고 전체 금액으로 한 장 끊자"입니다. 그런데 부가가치세법은 그렇게 보지 않는 경우가 있습니다.

국세청은 2026년 7월 8일 회신한 사전-2026-법규부가-0644에서 대가를 계약금·중도금·잔금으로 나눠 받는 용역계약의 공급시기를 다뤘습니다. 판단 기준은 한 가지 숫자, 6개월이었습니다. 회신 사안도 시행사가 수분양자와 별도로 맺은 발코니 확장공사 계약이었습니다.

스타트업 사례로 옮겨 봅니다. SI·SaaS 구축 회사가 고객사와 1억원(부가가치세 별도)짜리 시스템 구축 계약을 맺었습니다. 2026년 3월 10일 계약금 2,000만원, 6월 10일 중도금 3,000만원, 검수가 끝나는 10월 20일에 잔금 5,000만원입니다.

회신은 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역 제공 완료일까지가 6개월 이상이면 공급시기는 「부가가치세법 시행령」 제29조 제1항 제3호에 따라 대가의 각 부분을 받기로 한 때라고 답했습니다. 같은 법 시행규칙 제20조 제1호는 그 기간 안에 계약금 외의 대가를 분할해 받을 것도 요건으로 둡니다.

우리 사례는 3월 10일의 다음 날인 3월 11일부터 완료일 10월 20일까지가 7개월 남짓이고 그 사이에 중도금이 있습니다. 두 요건을 모두 충족하므로 중간지급조건부입니다.

6개월을 넘느냐 아니냐에 따라 세금계산서 장수가 달라집니다

중간지급조건부에 해당하면 공급시기가 대가의 각 부분을 받기로 한 때로 쪼개집니다. 3월 10일, 6월 10일, 10월 20일에 각각 끊어야 합니다. 세 장입니다.

반대로 같은 계약이 5개월짜리였다면 요건을 채우지 못하므로 원칙으로 돌아가 역무의 제공이 완료되는 때가 공급시기입니다. 중간에 받은 돈은 세법상 선수금일 뿐이고 그 시점에 발행 의무가 없습니다.

근거: 부가가치세법 시행령 제29조 제1항 제3호 · 시행규칙 제20조 제1호 · 부가가치세법 제16조 제1항, 사전-2026-법규부가-0644

같은 대금 구조인데 기간이 한 달 다르다는 이유로 세금계산서 장수와 신고 과세기간이 통째로 바뀝니다.

회계상 매출 인식 시점은 이것과 별개입니다

K-IFRS 제1115호에서 기간에 걸쳐 이행하는 수행의무라면 진행률에 따라 수익을 인식하므로, 세금계산서를 언제 끊었는지와 무관하게 매출이 잡힙니다. 세금계산서 날짜에 맞춰 매출을 인식하는 습관이 회계 오류로 이어집니다.

완료일에 1억원 한 장으로 끊으면 가산세가 얼마나 붙나

앞의 7개월짜리 계약에서 회사가 10월 20일에 1억원짜리 세금계산서 한 장만 발행했다고 하겠습니다. 3월분 2,000만원과 6월분 3,000만원, 합계 5,000만원의 공급시기는 모두 2026년 제1기(1월 1일~6월 30일)입니다. 제1기 확정신고기한 7월 25일보다 석 달이나 뒤에 발행한 것입니다.

「부가가치세법」 제60조 제2항은 이 상황을 둘로 나눕니다. 공급시기가 속한 과세기간의 확정신고기한까지 발급하면 제1호에 따라 공급가액의 1%가 지연발급 가산세이고, 그 기한마저 넘기면 제2호에 따라 2%의 미발급 가산세입니다. 우리 사례는 7월 25일을 넘겼으므로 5,000만원의 2%인 100만원입니다. 그 전에 알아챘다면 50만원이었습니다.

피해는 우리 회사에서 끝나지 않습니다. 같은 법 제39조 제1항 제2호는 발급받지 못한 세금계산서의 매입세액을 원칙적으로 공제하지 않습니다. 고객사가 매입세액 500만원을 제때 공제받지 못하면 그 부담이 거래 클레임으로 돌아옵니다.

재무제표도 봅니다. 제1115호에 따라 6월 30일 기준 진행률이 40%였다면 상반기에 매출 4,000만원을 인식하고, 받은 5,000만원 중 1,000만원은 계약부채로 남깁니다. 가산세 100만원은 세금과공과(영업비용)로 당기순이익을 그만큼 줄입니다. 절차만 놓쳐서 나가는 순수 손실입니다.

용역계약서에 대금 일정을 적을 때 함께 계산할 것

실무에서 이 논점을 놓치는 이유는 대금 일정을 자금 계획으로만 보기 때문입니다. 계약서에 날짜를 적는 순간 부가가치세 공급시기도 함께 결정됩니다.

계약 단계에서 확인할 것은 두 개뿐입니다. 계약금 수령 예정일의 다음 날부터 완료 예정일까지가 6개월 이상인가, 그 사이에 대가를 나눠 받기로 했는가입니다. 둘 다 예라면 대금 지급일마다 발행 일정을 캘린더에 걸어야 합니다.

다만 완료일이 언제인지는 사실판단 영역입니다. 검수 절차가 길거나 단계별 승인이 있으면 완료 시점 자체가 다투어질 수 있으므로, 구조가 복잡한 계약은 개별 검토가 안전합니다.

정리해보면

계약금 수령 예정일의 다음 날부터 완료일까지가 6개월 이상이고 그 사이에 대가를 분할해 받으면 중간지급조건부이고, 공급시기가 대가의 각 부분을 받기로 한 때로 쪼개집니다. 6개월 미만이면 완료일 하나가 공급시기이며 중간 수령액은 선수금입니다. 1억원 계약에서 한 장만 끊으면 가산세 100만원이 붙고 고객사의 매입세액 500만원 공제도 막힙니다. 세금계산서 발행일과 제1115호 수익 인식 시점은 구분해 관리해야 합니다.

—6개월 기산일 계산 — 계약금 수령 예정일의 다음 날부터 완료 예정일까지 기간 산정

—분할 수령 조항 확인 — 그 기간 안에 계약금 외의 대가를 나눠 받기로 했는지 계약서로 대조

—발행 일정 캘린더 등록 — 중간지급조건부라면 대금 지급일마다 세금계산서 발행일 지정

—수익 인식과 분리 관리 — 세금계산서 발행일과 제1115호 진행률 기준 매출 시점을 구분

—선수금 계정 점검 — 6개월 미만 계약의 중간 수령액을 매출로 잘못 잡고 있지 않은지 확인

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