6월 30일을 놓친 성실신고확인, 확인비용 120만원 공제는 사라집니다

성실신고 확인비용 세액공제 조문에는 기한이 적혀 있지 않지만, 국세청은 기한후신고를 하면 그 과세연도의 공제를 적용할 수 없다고 회신했습니다. 수입금액 18억원 개인사업자 사례로 잃는 금액을 조문별로 계산하고, 한 달 차이가 만드는 325만원의 간극까지 짚어 봅니다.

국세청은 서면-2026-소득-1072(2026.7.13.)에서 기한후신고 시 해당 과세연도의 성실신고 확인비용 세액공제는 적용할 수 없다고 회신했습니다. 「조세특례제한법」 제126조의6 제1항 문언에는 기한이 없지만, 「소득세법」 제70조의2 제2항의 6월 30일 확정신고 기한과 함께 읽은 결론입니다. 다만 제126조의6 제3항의 3개 과세연도 공제 배제는 따라오지 않아 손실은 그 해에 갇힙니다. 수입금액 18억원·산출세액 5,000만원 가정에서 8월 20일 기한후신고 시 잃는 금액은 공제 120만원과 가산세를 합해 1,070만원입니다.

수입금액 18억원 도소매 사업자에게 걸리는 두 개의 기한

매출이 일정 규모를 넘긴 개인사업자는 종합소득세를 신고할 때 성실신고확인서를 함께 내야 합니다. 확인 비용이 적지 않게 들어 국가가 그 일부를 세액공제로 돌려주는데, 이 공제에는 조문에 드러나지 않는 조건이 하나 더 있습니다. 기한 안에 신고했느냐입니다.

「소득세법」 제70조의2 제1항과 시행령 제133조 제1항은 업종별 기준을 정합니다. 농림어업·광업·도소매업 등 15억원, 제조업·숙박음식업·정보통신업 등 7억 5,000만원, 부동산임대업·전문과학기술서비스업 등 5억원 이상입니다.

온라인 스토어를 운영하는 개인사업자 A씨의 수입금액이 18억원이라면 도소매업 기준을 넘어 성실신고확인대상사업자입니다. 확정신고 기한은 제70조의2 제2항에 따라 6월 30일로 한 달 늘고, 그날까지 확인서도 함께 내야 합니다. A씨가 확인 비용 200만원을 썼다면 「조세특례제한법」 제126조의6 제1항의 비용 60% 공제·개인 한도 120만원(내국법인 150만원)에 따라 120만원을 꽉 채워 받을 수 있었습니다.

조문에는 기한이 안 적혀 있는데 왜 공제가 막힐까요

그런데 A씨가 6월 30일을 놓치고 8월 20일에 기한후신고를 했다면 어떻게 될까요. 제126조의6 제1항만 읽으면 확인서를 제출하는 경우라고만 되어 있어, 늦게라도 냈으니 공제는 된다고 생각하기 쉽습니다.

국세청은 2026년 7월 13일 회신한 서면-2026-소득-1072에서 이 조문을 「소득세법」 제70조의2와 함께 읽어, 제2항이 확정신고 기한을 6월 30일로 정한 이상 그 기한을 지난 기한후신고는 조문이 예정한 제출이 아니라고 보았습니다. 회신은 기한후신고 시 해당 과세연도의 확인비용 세액공제는 적용할 수 없으며, 이 경우 제126조의6 제3항은 적용하지 아니한다고 밝혔습니다.

뒷부분도 중요합니다. 제126조의6 제2항은 과소 신고액이 경정된 사업소득금액의 10% 이상이면 공제세액을 전액 추징하고, 제3항은 그런 사업자에게 경정일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도부터 3개 과세연도 동안 공제를 배제합니다. 기한후신고에는 제3항이 따라붙지 않아 올해로 끝나고 내년부터는 다시 공제받을 수 있습니다.

120만원을 잃는 데서 끝나지 않습니다

산출세액 5,000만원, 소득은 모두 사업소득이라고 가정하고 시점별 손실을 세어 보겠습니다.

근거: 조세특례제한법 제126조의6 제1항 · 소득세법 제81조의2 제1항 · 국세기본법 제47조의2, 제48조 제2항 (산출세액 5,000만원·수입금액 18억원 가정, 납부지연가산세 별도)

① 잃는 세액공제 120만원

확인 비용 200만원은 이미 나갔는데 공제는 0원입니다. 지출은 그대로 남고 세금 효과만 사라집니다.

② 성실신고확인서 미제출 가산세 250만원

「소득세법」 제81조의2 제1항은 6월 30일까지 확인서를 내지 않으면 두 금액 중 큰 금액을 가산세로 매깁니다. 산출세액에 사업소득금액 비율을 곱한 뒤 5%를 적용한 금액과, 사업소득 총수입금액에 1만분의 2를 곱한 금액입니다. 5,000만원 × 100% × 5% = 250만원과 18억원 × 0.02% = 36만원 중 큰 쪽인 250만원입니다.

③ 무신고가산세 700만원

「국세기본법」 제47조의2 제1항 제2호에 따라 무신고납부세액의 20%이고, 복식부기의무자는 같은 조 제2항 제1호 나목의 수입금액 0.07%와 비교해 큰 금액을 적용해 1,000만원입니다. 다만 기한후신고를 하면 제48조 제2항 제2호에 따라 감면되는데, 8월 20일은 1개월 초과 3개월 이내이므로 나목의 30% 감면이 적용되어 700만원이 남습니다.

합치면 120만원 + 250만원 + 700만원 = 1,070만원이고, 납부지연가산세가 별도로 붙습니다. 이미 지출한 200만원이 아무 세금 효과를 못 내면서 1,070만원이 더 나갑니다.

한 달 차이로 325만원, 기준선을 넘는 해의 일정

반대로 7월 20일에 신고했다면 무신고가산세는 제48조 제2항 제2호 가목의 50% 감면으로 500만원, 미제출 가산세도 제3호 나목의 1개월 이내 이행에 해당해 125만원이 됩니다. 합계 손실은 745만원, 한 달 차이로 325만원이 갈립니다.

개인사업자이므로 이 손실은 손익계산서가 아니라 납부세액과 현금으로 나타납니다. 내국법인이었다면 공제받지 못한 만큼 법인세비용이 늘어 당기순이익과 자본총계가 줄어듭니다.

위험한 이유는 대상이 되는 해가 갑자기 온다는 데 있습니다. 전년까지 12억원이던 매출이 올해 18억원이면 그 해부터 곧바로 대상입니다. 5월에야 알면 6월 30일을 맞추기 어려우므로, 실무에서는 연중 수입금액을 모니터링하고 기준선의 80%에 도달하면 확인 일정을 잡습니다. 겸영하거나 사업장이 둘 이상이면 「소득세법 시행령」 제133조 제2항의 환산 수입금액으로 판정하므로 단순 합계로 안심해선 안 됩니다.

정리해보면

성실신고 확인비용 세액공제는 6월 30일이라는 기한과 한 몸입니다. 기한후신고를 하면 그 과세연도의 공제가 사라져 비용 200만원을 쓰고도 120만원을 잃고, 가산세까지 더하면 그 해 현금 유출은 1,070만원에 이릅니다. 기한을 넘겼다면 하루라도 빨리 신고하는 것이 답입니다.

—업종별 기준 초과 여부 상시 확인 — 도소매 15억원·제조업 등 7억 5,000만원·서비스업 등 5억원을 연중에 모니터링

—겸영·다사업장은 환산 수입금액으로 판정 — 「소득세법 시행령」 제133조 제2항 적용, 단순 합계로 판단 금지

—확인 일정 3월 이전 확정 — 성실신고확인 작업과 6월 30일 제출 일정을 미리 잡아 둘 것

—확인 비용 지출 증빙 보관 — 세액공제 신청 서류와 함께 비용 증빙을 묶어 보관

—기한을 넘겼다면 즉시 기한후신고 — 1개월 이내 50%, 3개월 이내 30%로 감면율이 낮아지기 전에 마무리

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