해외 자회사에 청구할 이전가격 조정액을 못 받았다면, 지분 매각 때 또 세금을 낼까요?

국외특수관계인 거래에서 감액 조정된 소득이 반환되지 않은 채 남았을 때, 그 금액이 이후 해외 자회사 지분 매각 단계에서 다시 과세되는지 정리했습니다. 재정경제부 국제조세제도과-503 회신을 기준으로 최초 조정 시점의 법인세와 지분 양도 시점을 분리해 살펴봅니다.

재정경제부 국제조세제도과-503은 국제조세조정에 관한 법률 제13조 제2항에 따라 감액 조정된 내국법인의 소득금액이 국외특수관계인에게서 반환되지 않은 경우, 그 미반환금액을 법인세법 제18조 제2호의 익금불산입 소득으로 보아 내국법인이 해당 국외특수관계인 주식을 양도할 때 다시 익금에 산입하지 않는다고 설명했습니다. 최초 조정 시점의 법인세는 그대로 부담하되, 지분 매각 단계에서 같은 금액을 되풀이해 반영하지 않는다는 뜻입니다. 다만 법정 절차에 따른 감액 조정과 실제 미반환이라는 전제가 확인되어야 하며, 단순 미수금 연체나 임의 가격할인은 같은 문제가 아닙니다.

장부 매출과 세무상 소득이 벌어지는 순간

해외 자회사나 관계사와 개발·마케팅·관리용역 거래를 하는 스타트업 그룹은 성장 과정에서 이전가격 조정을 마주하게 됩니다. 한국 법인이 받은 거래가격이 정상가격보다 낮다고 조정되면, 장부에 찍힌 매출보다 세법상 소득이 먼저 늘어납니다. 회계장부의 숫자는 그대로인데 과세소득만 커지는 구간이 생기는 것입니다.

문제는 그 다음 단계입니다. 조정으로 늘어난 금액을 상대 해외법인이 실제로 돌려주지 못하면, 한국 법인에는 회수되지 않은 금액이 그대로 남습니다. 이때 실무에서 반복되는 질문이 "나중에 그 해외법인 지분을 팔 때 같은 금액에 또 과세되는가"입니다. 세금은 이미 냈는데 현금은 들어오지 않은 상태에서, 지분 매각이라는 또 한 번의 과세 계기가 찾아오기 때문입니다.

이 글은 국외특수관계인 거래의 감액조정 미반환금액을 사례로, 최초 조정 시점의 법인세와 이후 지분 매각 시점을 분리해 설명합니다.

질의와 회신 — 미반환금액은 지분 양도 때 다시 익금이 될까

재정경제부 국제조세제도과-503은 국제조세조정에 관한 법률 제13조 제2항에 따라 감액 조정된 내국법인의 소득금액이 국외특수관계인에게서 반환되지 않은 경우를 다뤘습니다. 회신은 해당 미반환금액을 법인세법 제18조 제2호의 익금불산입 소득으로 보아, 내국법인이 그 국외특수관계인 주식을 양도할 때 다시 익금에 산입하지 않는다고 설명했습니다.

쉽게 말하면 최초 이전가격 조정에서 한국 법인의 세무상 소득이 늘어난 사실과, 나중에 해외 관계사 주식을 팔 때의 양도손익을 한 번에 섞어 계산하지 않는다는 뜻입니다. 한 번 소득으로 반영된 금액이 지분 양도 단계에서 되풀이되지 않도록 정리해 둔 구조로 이해하면 됩니다.

다만 이 결론에는 전제가 있습니다. 법정 절차에 따른 감액 조정이 있었고, 그 금액이 실제로 반환되지 않았다는 두 가지가 확인되어야 합니다. 단순 미수금 연체나 임의 가격할인은 같은 문제가 아닙니다. 계약서, 정상가격 분석, 세무조정계산서, 반환 청구·수령 내역을 함께 보관해야 회계·세무·국제거래 문서가 서로 맞물려 하나의 사실관계를 가리킵니다.

숫자로 보는 흐름 — 장부 매출 1억 원, 조정소득 5,000만 원

한국 법인이 해외 자회사에 제공한 관리용역의 장부 매출이 1억 원이고, 정상가격 조정으로 세무상 소득 5,000만 원이 추가되었다고 가정하겠습니다. 회계상 손익계산서 매출은 1억 원 그대로지만, 세무조정 후 과세소득은 회계이익보다 5,000만 원 커질 수 있습니다.

가정 법인세율 20%를 적용하면 당기 법인세비용과 미지급법인세는 1,000만 원 더 늘고, 당기순이익과 이익잉여금은 그만큼 감소합니다. 현금이 들어오지 않은 상태에서 세부담이 먼저 인식되는 구간입니다.

이후 해외 자회사가 5,000만 원을 반환하지 못한 채 한국 법인이 그 지분을 매각한다고 가정해 보겠습니다. 해당 금액이 회신의 전제를 충족하면 지분 양도 단계에서 같은 5,000만 원을 다시 익금에 산입하지 않는다는 것이 핵심입니다. 이는 최초 조정에서 부담한 법인세를 없애 준다는 뜻이 아니라 이중 반영을 막는 구조라는 점을 구분해야 합니다.

근거: 국제조세조정에 관한 법률 제13조 제2항, 법인세법 제18조 제2호, 재정경제부 국제조세제도과-503

예시는 단순화한 것입니다. 실제 이전가격 조정, 외국 세액, 환율, 지분 양도손익은 계약과 국가별 제도에 따라 달라집니다.

해외 자회사 거래에서 남겨야 할 자료

세무조정 숫자만 남기면 몇 년 뒤 같은 금액을 다시 설명하기 어렵습니다. 왜 조정했는지와 실제 반환 여부를 함께 기록해야 향후 매각·감사·세무조사에서 같은 논리를 그대로 꺼낼 수 있습니다.

국외특수관계인과의 용역·라이선스·상품거래 계약서를 정리하고, 정상가격 산정 근거와 이전가격 문서화 자료를 보관합니다. 세무조정 금액과 해외법인에 대한 반환 청구·수령 내역을 서로 연결해 두고, 해외 지분 매각 모델에는 미반환금액의 세무 처리를 별도 항목으로 표시해 둡니다.

적용 시점은 2026년 9월 기준입니다. 국제조세조정에 관한 법률 제13조 제2항에 따른 조정과 법인세법 제18조 제2호의 적용 전제가 충족되는지가 출발점이며, 국가별 이전가격 문서와 조세조약, 외국납부세액공제, 회계상 미수금 회수가능성 평가는 각각 별도 검토 대상입니다. 해석례의 결론을 일반적인 해외 미수금에 바로 적용해서는 안 됩니다.

정리해보면

이전가격 조정은 장부 매출과 세무상 소득을 다르게 만들 수 있습니다. 가정 예시에서 조정소득 5,000만 원은 당기 법인세비용 1,000만 원 증가로 이어졌고, 요건을 충족한 미반환금액은 향후 지분 양도 때 같은 금액이 다시 익금에 산입되지 않도록 하는 구조가 될 수 있습니다. 해외 관계사 거래는 계약서 한 장으로 끝나지 않으므로, 가격 산정·세무조정·현금 회수·지분 매각의 시간 축을 하나의 흐름으로 연결해 기록해 두는 것이 가장 확실한 방어선입니다.

—거래 계약서 정비 — 국외특수관계인과의 용역·라이선스·상품거래 계약서를 한곳에 정리

—정상가격 근거 보관 — 정상가격 산정 근거와 이전가격 문서화 자료를 함께 보관

—반환 내역 연결 — 세무조정 금액과 해외법인 반환 청구·수령 내역을 하나로 연결

—매각 모델 별도 표시 — 해외 지분 매각 모델에 미반환금액의 세무 처리를 별도 항목으로 표시

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