정부지원금을 과다청구하면 돌려주는 것으로 끝나지 않습니다 — 제재부가금 300%가 붙습니다

중소벤처기업부가 2026년 9월 7일 「중소기업창업 지원사업 운영요령」 일부개정고시안을 행정예고했습니다. 자기부담사업비 관리 원칙을 단계별로 구분하고 제재부가금 처분 권한 조항을 정비하는 내용입니다. 국책과제를 수행 중인 창업기업이 지금 확인해 둘 조항과 회계 영향을 정리했습니다.

중소벤처기업부가 2026년 9월 7일 「중소기업창업 지원사업 운영요령」 일부개정고시안을 행정예고했습니다(중소벤처기업부공고 제2026-545호). 자기부담사업비를 구성·집행·정산 단계별로 구분해 규정하고, 제재부가금 처분 권한 조항을 정비하는 것이 핵심입니다. 제재부가금은 환수와 별개로 추가 부과되며, 공공재정환수법 시행령 별표 1은 자격 없는 청구 500%, 과다청구 300%, 목적 외 사용 200%로 배수를 고정하고 있습니다. 의견제출 마감은 2026년 9월 28일입니다.

개정안이 손대는 세 가지

창업지원사업에 선정되면 정부지원금과 함께 자기부담금을 넣습니다. 그동안 자기부담금은 정산 단계에서만 규정돼 있어, 구성·집행 단계에서 어떻게 다뤄야 하는지가 애매했습니다.

중소벤처기업부는 2026년 9월 7일 「중소기업창업 지원사업 운영요령」 일부개정고시안을 행정예고했습니다(중소벤처기업부공고 제2026-545호, 행정절차법 제46조). 의견제출 마감은 2026년 9월 28일이고, 개정 내용은 세 갈래입니다.

첫째, 창업지원법 시행령의 국외창업기업 정의를 운영요령에 추가합니다(제2조). 둘째, 지금은 정산에만 명시된 자기부담사업비를 구성·집행·정산 단계별로 구분해 제시합니다(제20조, 제21조, 제23조). 셋째, 공공재정환수법·보조금법 등에 따라 법적 하자가 없도록 제재부가금 처분 권한 조항을 정비합니다(제14조, 제30조).

행정예고문은 제재부가금의 검토·부과·징수를 창업진흥원에 위탁할 근거가 없어 엄격하게 해석·적용할 필요가 있다고 밝힙니다.

제재부가금은 환수와 다르고, 배수도 정해져 있습니다

개념 두 가지를 분명히 해야 합니다. 환수는 잘못 받은 돈을 돌려놓는 것이고, 제재부가금은 그 위에 추가로 부과되는 금액입니다.

근거 조항부터 봐야 합니다. 운영요령 제2조 제5호와 제30조 제2항은 제재부가금의 근거를 보조금법 제33조의2 또는 공공재정환수법 제9조로 병렬 규정합니다. 아래 배수는 공공재정환수법이 적용되는 경우이고, 보조금법상 보조금이면 제33조의2의 부과기준을 따르므로 내 과제가 어느 쪽인지 협약서와 공고문으로 확인해야 합니다.

흔히 오해하는 대목도 있습니다. 공공재정환수법 제9조의 '부정이익 가액의 5배 이내'는 법률상 상한일 뿐이고, 실제 배수는 시행령 제5조 제1항과 별표 1 제1호가 행위 유형별로 고정합니다. 부정이익 가액의 범위도 같은 영 제3조 제2항이 유형마다 다릅니다.

근거: 공공재정환수법 제9조 · 같은 법 시행령 제3조 제2항 · 제5조 제1항 및 별표 1 제1호·제2호·제4호

숫자로 보면 — 과다청구 2,000만 원의 실제 부담

가정 예시로 정부지원금 1억 원을 받은 기업이 그중 2,000만 원을 과다청구했다고 하겠습니다. 나목이므로 부정이익 가액은 차액인 2,000만 원, 부과율은 300%입니다. 환수 2,000만 원에 제재부가금 6,000만 원이 더해져 총 8,000만 원입니다.

감경 규정은 있지만 모두 재량입니다

과실로 인정되면 별표 1 제2호에 따라 제재부가금을 2분의 1로 줄일 수 있고, 그 경우 총 5,000만 원입니다. 조사 전에 자진신고하면 별표 1 제4호 가목에 따라 부과하지 않아 환수액 2,000만 원만 남습니다. 다만 두 규정 모두 재량입니다.

재무제표에는 이렇게 나타납니다

이미 수익으로 인식한 정부보조금 2,000만 원을 반환하고 제재부가금 6,000만 원이 확정되면, 그 회계연도에 비용 8,000만 원이 계상되어 당기순이익이 8,000만 원 줄고 자본도 같은 금액만큼 감소합니다. 초기 기업의 자본 규모라면 자본잠식으로 이어질 수 있습니다.

자기부담금과 정부보조금, 회계에서는 어떻게 갈리는가

핵심은 내 돈과 받은 돈을 구분해 기록할 수 있는가입니다. 총 사업비 1억 원 중 정부지원금 7,000만 원, 자기부담금 3,000만 원인 과제라면, 지출이 어느 재원에서 나갔는지 대응돼야 정산이 됩니다.

정부지원금 부분은 K-IFRS라면 제1020호, 일반기업회계기준이라면 제17장 '정부보조금의 회계처리'에 따릅니다. 수익 관련 보조금은 관련 비용을 인식하는 기간에 걸쳐 수익으로 인식합니다.

다만 자산 관련 보조금의 표시는 두 기준이 다릅니다. K-IFRS 제1020호는 장부금액 차감과 이연수익 표시 중 선택할 수 있게 하지만(문단 24), 일반기업회계기준 제17장은 관련 자산의 차감계정으로 처리해 내용연수에 걸쳐 상각금액과 상계하도록 정해 이연수익이라는 선택지가 없습니다. 창업기업 상당수가 일반기업회계기준 대상이므로 이 차이부터 봐야 합니다.

반면 자기부담금은 보조금이 아니라 회사 자체 지출이어서 성격에 따라 비용이나 자산으로 인식할 뿐입니다. 가정 예시로 그해 6,000만 원을 집행했고 정부지원금 재원이 4,200만 원, 자기부담금 재원이 1,800만 원이라면, 손익계산서에 비용 6,000만 원과 정부보조금수익 4,200만 원이 표시되어 당기순이익은 순효과로 1,800만 원 감소합니다.

정리해보면

개정 취지는 분명합니다. 자기부담금을 실제로 넣었는지 어디에 썼는지 단계별로 확인하고(제20·21·23조), 부정한 청구에는 환수를 넘어 제재부가금까지 부과 근거를 정비하겠다는 것입니다(제14·30조).

적용 시점 기준은 현행 K-IFRS 제1020호 및 일반기업회계기준 제17장(2026년 기준), 공공재정환수법 시행령(2024년 9월 27일 시행본)이며, 운영요령 개정안은 아직 행정예고 단계이므로 실제 적용은 확정 고시를 확인한 뒤 전문가 검토가 필요합니다. 의견 제출은 2026년 9월 28일까지 중소벤처기업부 신산업기술창업과로 하면 됩니다.

—재원별 집행 기록 — 과제별로 정부지원금 재원과 자기부담금 재원을 구분해 집행 내역을 기록하고 있는지

—자기부담금 실지출 확인 — 실제 현금으로 지출했는지, 현물 인정분과 구분되는지 확인

—자산 관련 보조금 표시 방법 — K-IFRS 제1020호 문단 24와 일반기업회계기준 제17장 중 적용 기준 확인

—수익 인식 시점 대응 — 정부보조금 수익 인식 시점이 관련 비용 인식 기간과 대응되는지 점검

—충당부채 요건 검토 — 환수·제재부가금 가능성이 제기됐다면 충당부채 인식 요건을 검토

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