가족 임원 급여 손금불산입 기준, 동일직위 비교와 정당한 사유 판단(대구지법 2025구합20855)

가족이 임원으로 함께 일하는 스타트업과 중소기업의 대표·재무담당자를 위한 글입니다. 정관과 이사회 결의를 갖추어도 지배주주등 임원의 보수는 별도의 조문으로 걸립니다.

대구지방법원은 2026년 9월 3일 지배주주의 동생인 임원에게 지급한 초과 보수의 손금을 부인한 과세처분이 적법하다고 판결했습니다(2025구합20855, 청구 기각). 근거는 법인세법 제26조 제1호와 같은 법 시행령 제43조 제3항입니다. 동일직위는 법인등기부상 직위가 아니라 내부 조직체계상 사실상의 직무로 판단하고, 정당한 사유는 경영실적·재무현황을 포함한 경제적 합리성으로 봅니다. 급여 배수는 2023년 기준 약 3.05배, 영업이익 대비 4.95%였습니다.

대구지법 2025구합20855, 무엇이 문제가 됐나

창업자의 형제나 배우자가 임원으로 있는 회사는 많습니다. 실제로 일하니 급여는 당연하고, 정관과 이사회 결의까지 갖추면 안전할 것 같습니다. 그런데 2026년 9월 3일 대구지방법원은 그렇게 지급한 급여의 손금을 부인한 과세처분이 적법하다고 판결했습니다.

문제가 된 임원은 지배주주의 동생입니다. 2009년부터 2022년까지 감사, 이후 사내이사로 근무하다 2023년 부사장 발령을 받았습니다. 비교 대상은 1990년경 입사해 약 30년을 근무하며 2019년부터 생산·영업 전 부문과 해외현지법인을 총괄해 온 등기 대표이사입니다.

급여 배수는 2022년(9~12월) 약 2.84배, 2023년 약 3.05배였고, 2023년 기준 매출액 대비 0.42%·영업이익 대비 4.95%를 이 임원 한 사람이 받았습니다. 2024년 법인통합조사로 시작된 경정·고지는 소송에서도 유지됐습니다.

시행령 제43조 제3항이 세운 두 개의 문턱

법인세법 제26조는 과다경비 등의 손금불산입을 정하며 제1호에 인건비를 두었습니다. 위임을 받은 시행령 제43조 제3항은 지배주주등인 임원·직원에게 정당한 사유 없이 동일직위의 지배주주등 외 임원 지급액을 초과해 보수를 주면 그 초과금액을 손금에 산입하지 않습니다.

지배주주등은 같은 조 제7항이 정합니다. 발행주식총수의 100분의 1 이상을 소유하고 특수관계인과의 지분 합계가 가장 많은 주주등이며, 제8항 제1호 가목이 친족을 포함해 형제인 이 임원도 들어갔습니다.

문턱 1 — 동일직위는 등기부가 아니라 사실상의 직무

판결은 동일직위 여부를 법인등기부상 직위에 관계없이 내부 조직체계상 실제 종사하는 사실상의 직무를 기준으로 판단한다고 밝혔습니다. 이 임원은 부사장 발령 전까지 감사팀장으로 비교대상 임원의 통할 아래 있었고, 부사장이 된 뒤 직제상 동등해졌습니다.

문턱 2 — 정당한 사유는 경제적 합리성으로

정당한 사유는 경영실적, 담당업무의 성질·중요도, 책임의 경중, 법인의 재무현황, 사회통념과 상관행에 비추어 경제적 합리성으로 판단합니다. 손금에 관한 사항은 증명의 필요가 납세의무자에게 돌아갈 수 있습니다(대법원 2010두4599 판결).

합병계약 특약 주장도 받아들여지지 않았습니다. 합병소멸법인은 피합병연도에 6억 원의 당기순손실을 냈고 금형제작 핵심기술·특허도 없어, 법원은 고액 급여 보장이 합병대가가 아니라 보수의 형태를 빌린 자금 분출이라고 보았습니다.

제2항(상여금)과 제3항(보수)은 다른 조문입니다

같은 시행령 제43조 제2항은 임원 상여금 중 정관·주주총회·이사회 결의로 정한 급여지급기준 초과분을 부인합니다. 이 사건에서 부인된 것은 보수였으므로 제3항이 적용됐습니다.

근거: 법인세법 제26조 제1호 · 같은 법 시행령 제43조 제2항·제3항 · 대구지법 2025구합20855

임원 보수를 정관이나 주주총회 결의로 정하는 근거는 상법 제388조입니다. 그 절차를 갖추어도 제3항은 별도로 걸립니다. 판결도 이 조항이 정당한 내부절차를 거쳤는지 따지지 않는다고 못박았습니다.

가정 예시로 본 숫자, 초과액 2억 4,600만 원

배수 3.05배만 쓰고 금액은 가정하겠습니다. 아래는 가정 예시이며, 판결문의 급여·부인액은 비공개 처리돼 있습니다. 스타트업 G의 대표이사(지배주주 아님) 연봉 1억 2,000만 원, 지배주주의 동생인 부사장 연봉 3억 6,600만 원, 조직도상 지위는 동등하다고 가정합니다.

제3항이 적용되면 초과금액은 3억 6,600만 원에서 1억 2,000만 원을 뺀 2억 4,600만 원입니다. 2026년 법인세율은 과세표준 2억 원 초과 200억 원 이하 구간이 20%, 지방소득세 포함 22%이므로 5,412만 원이고 가산세가 별도로 붙습니다.

재무제표로는 법인세비용이 5,412만 원 늘고 당기순이익이 같은 금액 줄어듭니다. 재무상태표에서는 미지급법인세 4,920만 원과 미지급지방소득세 492만 원이 늘고, 자본총계가 20억 원이었다면 2.7% 감소합니다.

과거 사업연도 고지라면 회계처리 판단이 하나 더 붙습니다. K-IFRS 적용 회사는 기업회계기준해석서 제2123호가, 일반기업회계기준 적용 회사는 제22장 법인세회계가 다루는 영역입니다. 인식 여부와 금액은 조사 단계부터 감사인과 맞춰 두어야 합니다.

자료는 지급하는 시점에 만들어 둡니다

이 판결은 1심입니다. 확정된 법리보다 세무조사에서 무엇을 묻는지 보여주는 자료로 읽는 편이 맞습니다. 다툼에서 꺼낼 자료는 지급하는 시점에 미리 만들어 두어야 합니다. 조직도상 위치, 최종결재권의 범위, 담당 영역의 매출·이익 기여 자료, 보유 기술·특허의 실체입니다.

정리해보면

가장 흔한 착오는 정관과 이사회 결의로 급여지급기준을 만들었으니 안전하다는 판단입니다. 지급기준은 상여금의 제2항 문제를 정리할 뿐, 지배주주등 임원의 보수를 다루는 제3항은 별도로 걸립니다.

법원이 2023년 영업이익 대비 4.95%를 근거의 하나로 적은 것은, 급여 절대액이 아니라 이익 규모와의 비율을 본다는 신호입니다. 지배주주와 친족 관계인 임원의 명단과 지분, 동일직위 여부, 초과액 유무를 한 번 정리해 두시길 권합니다.

—지배주주와 친족 관계인 임원·직원 명단을 뽑고 각자의 보수를 확인합니다. 지분 1% 기준과 특수관계인 범위를 함께 봅니다.

—조직도와 결재권한 규정을 기준으로 누가 누구와 사실상 동일직위인지 정리합니다. 등기부상 직위가 아닙니다.

—초과액이 있다면 담당업무의 성질·중요도, 경영실적 기여, 책임의 경중을 입증할 자료를 지급 시점에 확보합니다.

—합병·인수 계약에 임원 처우 보장 특약을 넣을 때는 그 처우가 경제적 합리성을 갖추는 근거를 함께 남깁니다.

—보수가 회사 영업이익에서 차지하는 비율을 매년 계산해 기록합니다. 판결이 실제로 사용한 척도입니다.

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