이전가격 원가가산법, 해외 R&D 자회사 개발비는 얼마 줘야 할까 — 정상가격 산출방법과 이전가격 정책

미국 등 해외에 개발 인력을 두려고 자회사를 세우고, 한국 본사가 매달 개발 용역비를 보내는 구조가 흔해졌습니다. 이 금액은 한국에서는 본사의 비용, 현지에서는 자회사의 매출이라 두 나라 과세당국이 반대 방향에서 봅니다. 국제조세조정에 관한 법률(국조법)의 정상가격 산출방법, 원가가산 방식이 쓰이는 이유, 상장 준비 기업의 공시 사례, 챙길 문서와 신고 서류를 정리했습니다.

해외 자회사에 주는 개발 용역비는 국외특수관계인과의 국제거래라서 정상가격으로 정해야 합니다(국조법 제7조·제8조). 용역형 자회사에는 총원가에 비교가능회사 수준의 이익을 더하는 원가가산 방식이 흔히 쓰이지만, 이익률은 비교가능성 분석으로 정하는 값입니다. 연구개발 용역은 한국의 원가 + 5% 간편법 대상이 아니며, 사전 약정과 증빙 문서가 없으면 용역비가 손금에 들어가지 않을 수 있습니다.

이전가격 뜻, 해외 R&D 자회사 개발비가 쟁점이 되는 이유

이전가격(Transfer Pricing) 문제의 출발점은 국조법 제7조 제1항입니다. 이 조항은 거주자와 국외특수관계인 간 국제거래의 가격이 정상가격보다 낮거나 높으면 과세당국이 정상가격을 기준으로 과세표준과 세액을 결정하거나 경정할 수 있다고 정합니다.

같은 법 제6조 제1항은 회사가 정상가격으로 조정한 과세표준과 세액을 법인세 신고기한, 수정신고기한, 경정청구기한, 기한 후 신고기한 가운데 어느 하나까지 신고하거나 경정청구할 수 있게 합니다.

정상가격 산출방법과 원가가산법, 개발 용역 자회사에 많이 쓰는 이유

국조법 제8조 제1항은 비교가능 제3자 가격방법, 재판매가격방법, 원가가산방법, 거래순이익률방법, 이익분할방법 가운데 거래조건을 고려해 가장 합리적인 방법을 쓰게 하고, 그 밖의 합리적 방법은 앞의 다섯 방법으로 산출할 수 없는 경우에만 허용합니다. 시행령 제15조 제5항·제6항에 따라 정상가격은 범위로 산정할 수 있고, 범위를 벗어난 가격은 평균값·중위값·최빈값 등을 기준으로 조정합니다.

본사가 정한 과제만 수행하고 결과물은 본사가 갖는 계약 연구 구조라면, 쓴 원가를 회수하고 기능에 맞는 이익을 남기는 원가가산 구조가 잘 맞습니다. 다만 원가가산방법(시행령 제7조)은 원가 대비 매출총이익을, 흔히 총원가가산율(FCMU)이라 부르는 거래순이익률방법(시행령 제8조 제1항 제3호)은 매출원가 및 영업비용 대비 거래순이익을 비교하므로 정책 문서에 어느 방법인지 적어 둡니다.

"원가 + 5%" 간편법을 개발 용역에 쓸 수 없는 이유

시행령 제12조 제2항은 요건을 모두 갖춘 저부가가치용역거래에 대해 원가에 5%를 가산한 금액을 정상가격으로 보지만, 연구개발을 대상에서 빼고 핵심사업활동과 직접 관련되지 않는 지원적 용역으로 한정합니다. 해당 과세연도 그 거래의 원가 + 5% 합계가 거주자 매출액의 5%와 영업비용의 15% 중 작은 금액을 넘어도 쓸 수 없습니다(시행령 제12조 제3항, 시행규칙 제4조). OECD 이전가격 가이드라인(2022년판) 문단 7.47도 연구개발 용역을 간편법에서 빼고, 문단 7.48은 그렇다고 높은 수익을 내야 한다는 뜻은 아니라고 덧붙입니다.

자회사가 미국에 있다면 일정한 지원 용역을 이익 없이 원가로 청구하는 미국 재무부 규칙 §1.482-9의 서비스 원가법도 연구·개발·실험을 제외 활동으로 둡니다.

공시 사례와 원가가산이익률 계산 예시

코스닥 상장을 추진 중인 엘리스그룹의 정정 증권신고서(2026.9.29.)에 따르면 미국 법인은 R&D 기능을 수행하고 본사 내부거래 외 실질 매출이 없으며, 2025년 매출 16억 900만 원 중 본사 매출이 15억 9,000만 원입니다. 대가는 매 회계연도 직전 연도 비교가능회사의 총원가가산율을 기준으로 마진을 적용하고, 제3자향 매출이 본격화되면 별도 TP 용역으로 바꿔 인건비 지원을 중단할 계획이라고 적었습니다. 다만 미국 법인은 그 전까지 현재 거래가 당분간 이어질 수 있다고 덧붙였습니다.

(가정 예시) A사의 계약 연구 자회사 A US 총원가가 20억 원이고, 비교가능회사 분석 결과 총원가가산율 범위가 4%~10%, 중위값이 7%로 나왔다고 가정합니다. 권장 이익률이 아니라 계산용 숫자입니다.

근거: 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제15조 제5항·제6항 (수치는 계산을 보여 주기 위한 가정 예시)

15%를 붙여 23억 원을 보냈다면 범위를 벗어났으므로 평균값·중위값 등으로 조정될 수 있고, 중위값 7% 기준이면 차이 1억 6,000만 원만큼 한국 본사 비용이 과다하다고 보아 경정될 수 있습니다(가정 예시).

이전가격 정책 문서·계약서와 국제거래명세서, 챙길 서류

시행령 제12조 제7항은 국외특수관계인과의 용역거래가 사전 약정과 그에 따른 실제 제공, 수익 증가나 비용 절감 기대, 다른 특수관계인과의 중복 없음(일시적 중복 등 예외 있음), 이를 증명하는 문서 보관·비치 요건 가운데 하나라도 갖추지 않으면 그 비용을 손금에 산입하지 않는다고 정합니다.

국조법 제16조 제2항에 따라 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내에 국제거래명세서, 국외특수관계인의 요약손익계산서, 정상가격 산출방법 신고서를 내야 하며, 시행령 제36조의 거래금액 이하이면 서류별로 면제됩니다. 통합·개별기업보고서는 매출액 1천억 원 초과이면서 국외특수관계인 거래 합계 500억 원 초과인 회사만 대상이지만, 과세당국이 자료를 요구하면 60일 이내에 내야 하므로 정책 문서는 미리 만들어 둡니다. 국제거래명세서나 통합·개별기업보고서, 요구받은 자료를 부득이한 사유 없이 기한까지 내지 않거나 거짓으로 내면 1억 원 이하의 과태료 대상입니다(국조법 제87조 제1항).

정리해보면

해외 R&D 자회사 개발비는 얼마를 보냈는지보다 그 금액을 뒷받침하는 기능 분석, 비교가능성 분석, 사전 계약과 증빙이 먼저입니다. 붙이는 이익률에 따라 한국과 현지 중 어느 쪽에서 문제가 될지가 갈리고, 한쪽에서만 조정되면 이중과세가 생길 수 있으므로 두 나라 신고를 함께 놓고 정책을 짜는 것이 안전합니다.

—기능·위험 분석 — 자회사가 하는 일, 결과물 권리, 지는 위험 정리(계약 연구인지 확인)

—방법 선택 — 원가가산방법(매출총이익)인지 거래순이익률방법(총원가 대비 영업이익)인지 명시

—비교가능회사 분석 — 이익률 정상가격 범위 산정, 매년 또는 정한 주기로 갱신

—사전 계약과 증빙 — 용역 범위·원가 범위·이익률·정산 방법, 과제 지시·산출물·투입 기록 비치

—연말 확인과 신고 — 범위 이탈 시 조정, 사업연도 종료일이 속하는 달 말일부터 6개월 안에 국제거래명세서 등 제출

창의회계법인은 스타트업과 중소기업을 위한 회계감사·세무 자문·M&A·IPO·밸류업 전문 회계법인입니다. 해외 자회사 설립 단계부터 용역 계약, 원가가산 정책 문서, 국제거래명세서·정상가격 산출방법 신고서 준비까지 한국 본사 관점에서 함께 점검합니다.